schrodinger PyMOL v3.0.3一款专为Mac用户设计的生物分子结构可视化和模拟软件

适用平台:

  • 64 位 macOS 12+,包括带有 Rosetta 2 的 Apple Silicon(M1、M2),软件版本:v3.0.3

软件介绍

分子可视化程序已成为许多科学领域(包括计算化学和结构生物学)中极其宝贵的工具。它们使我们能够可视化和分析蛋白质、核酸和小有机分子等分子的结构,其精细度和定制化程度在实验室中是无法达到的。

如今,使用计算机就可以从专门的网站(例如蛋白质数据库(PDB))下载数千种蛋白质结构,并使用程序对其进行可视化、旋转其结构、放大感兴趣的原子、计算距离,所有操作只需几个简单的步骤即可完成。

这些工具可以帮助我们了解分子结构和功能之间的关系,并可用于设计和优化药物,研究蛋白质-配体相互作用,以及通常检索蛋白质及其主要结构特征的视觉表示。

使用分子可视化软件的一些好处包括,它能够提高我们对分子三维结构的理解,从而识别出系统运作所必需的结构特征。另一个重要方面是,我们可以通过分子动力学 (MD) 模拟观察系统的动态演化。最后,它们还可用于为您的出版物或演示文稿生成高质量的图像和影片。

在本教程中,我将介绍 PyMOL(最著名的分子可视化软件之一)的基础知识,以便您了解它的一般功能。

布局主要由三个部分组成:
-顾名思义,显示区域是将分子加载到 PyMOL 后显示和操作分子的地方。默认情况下,您可以通过拖动鼠标(分别为左键、右键、滚轮)或触控板(左键、右键、Ctrl + 单击)来旋转、缩放和平移。

系统要求
操作系统:64 位 macOS 12+,包括带有 Rosetta 2 的 Apple Silicon(M1、M2)
CPU:x86_64 兼容处理器
内存:每个核心 4 GB 内存
空间:18 GB 磁盘空间用于安装软件;如果还安装了数据库(PDB、BLAST 等),则需要 400-500 GB
具有配置网络接口的网卡
16 位颜色(用于 Maestro)

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